Q:部署名を変更すると各社員の履歴に残っている部署名も変更されてしまいますか?


A: はい、おっしゃる通り、部署マスタで既存の部署名を変更すると

  社員様が過去所属していた部署にも反映されます。
  それ以外については部署名の変更における影響や問題はございません。

  もし部署の名称を別々としたい場合は
部署を新規作成していただけますと幸いです。

  記事「部署の新規作成方法」をご参照ください。